Négociation d'une CIFRE : concurrence, aides d'État, crédits d'impôt, ce que les textes disent vraiment

Une précision pour savoir d'où je parle

J'ai été, et je suis encore, des deux côtés du contrat : côté établissement public de recherche, côté société privée. Cet article s'inspire de plusieurs échanges réels, anonymisés, entre des startups et des tutelles de laboratoire, concernant la somme à verser chaque année au laboratoire pour une thèse CIFRE.

Dans ces échanges, les laboratoires invoquent souvent la libre concurrence, le risque d'aide d'État et les crédits d'impôt comme arguments de négociation. Ces arguments spécifiques sont, le plus souvent, inopérants.

L'objet de cet article est de les examiner un à un et de montrer en quoi ils sont inadaptés à l'objectif pour lequel ils sont invoqués : justifier un montant plus élevé. Connaître les deux positions n'enlève rien à la rigueur de l'analyse. Un établissement bien conseillé a lui aussi intérêt à ne pas s'appuyer sur un argument qui ne résiste pas à la lecture des textes.

Qu'est-ce qu'une CIFRE et qui finance quoi ?

Une CIFRE (Convention Industrielle de Formation par la Recherche) est une convention conclue entre l'État et l'employeur d'un doctorant. Elle ouvre droit à une aide financière pour l'employeur « destinée au financement partiel de la rémunération du doctorant » (article R. 513-10 du code de la recherche). Elle est conclue pour 36 mois (article R. 513-12).

Une CIFRE suppose, par construction, une autorité de délivrance du diplôme. Le doctorant est inscrit en doctorat dans un établissement d'enseignement supérieur, et son projet de recherche est encadré par une unité de recherche rattachée à son école doctorale (article R. 513-10). L'aide ne peut d'ailleurs être accordée ni sans inscription en doctorat, ni sans l'accord du directeur de l'école doctorale (article R. 513-11). Cette autorité se situe du côté du laboratoire et de ses tutelles : l'encadrement du doctorant fait partie de leurs missions de délivrance du diplôme, et non d'une prestation proposée sur un marché. Reste à voir comment le laboratoire s'inscrit dans ce montage.

Le laboratoire, lui, n'est pas bénéficiaire de cette subvention. Il est partie (via ses tutelles) à un contrat de collaboration qui est passé avec l'employeur du doctorant. L'idée est de mettre en place une collaboration de recherche entre le laboratoire et l'employeur permettant d'assurer l'encadrement complet du doctorant. C'est dans ce contrat que se règlent également la propriété intellectuelle et, en pratique, la contribution financière de l'entreprise.

La contribution de l'entreprise au laboratoire est-elle obligatoire, et qui en fixe le montant ?

Les textes n'imposent ni le principe, ni le montant, ni le mode de calcul de cette contribution : ni le décret, ni l'arrêté du 29 décembre 2025, ni les conditions générales de l'ANRT de mars 2025. Ces conditions listent seulement ce que le contrat de collaboration doit prévoir au minimum, dont le « financement des travaux » (§ 3.5). Ce financement des travaux n'implique aucune obligation légale de versement d'une contribution.

Ne me faites pas dire ce que je n'écris pas : le principe selon lequel l'employeur du doctorant verse une contribution au laboratoire est une pratique standard, souhaitable et légitime. Pour autant, c'est une pratique, pas une obligation.

Le montant relève donc d'une négociation libre entre l'employeur et l'établissement. Dans l'un des projets qui inspirent cet article, le principe d'une participation n'était pas contesté : le désaccord portait sur le montant. Distinguer les deux est le premier réflexe utile. Le montant se discute sur pièces : besoins réels du projet, coûts d'encadrement, environnement de travail, calendrier de paiement. Il ne se déduit ni d'un risque juridique supposé, ni de la situation fiscale de l'entreprise.

La libre concurrence peut-elle justifier un montant minimal ?

Non, pas dans le cadre d'une CIFRE. L'article L. 410-1 du code de commerce applique le droit de la concurrence aux entités qui exercent une activité de production, de distribution et de services, « y compris celles qui sont le fait de personnes publiques ». Un établissement public n'échappe donc pas par principe au droit de la concurrence, mais il n'y est soumis que pour celles de ses activités qui consistent à offrir un bien ou un service sur un marché.

La Communication de la Commission européenne de 2022 (2022/C 414/01) précise ce critère : est économique l'activité « consistant à offrir des produits ou des services sur un marché donné » (point 18). Elle range parmi les activités généralement non économiques des organismes de recherche « les activités de formation en vue de ressources humaines accrues et plus qualifiées » (point 20, a), i)). Or le doctorant est inscrit à l'université et prépare un diplôme national : il n'existe pas de marché de l'encadrement doctoral sur lequel des opérateurs privés seraient évincés par un montant trop bas. L'argument est donc inadapté à l'encadrement d'un doctorant.

Invoquer la libre concurrence pour obtenir un versement plus élevé dans une CIFRE revient à appliquer à une activité de formation une règle conçue pour les marchés.

Nous consacrerons un article sur le sujet de la qualification d'activité économique pour une prestation de recherche. C'est un mécanisme qui est non seulement méconnu, mais qui peut avoir des effets de bord complexes.

Une CIFRE peut-elle constituer une aide d'État indirecte à l'entreprise ?

Le risque existe en théorie, mais dans une théorie tellement improbable que sa réalisation en pratique nous semble impossible.

Le financement public d'activités non économiques n'est pas une aide d'État (point 19 de la Communication). Pour les collaborations entre un organisme de recherche et une entreprise, la Commission écarte l'aide indirecte si l'une des conditions suivantes est remplie (point 29) :

• les entreprises supportent l'intégralité des coûts du projet ;
• les résultats sans droit de propriété intellectuelle sont largement diffusés et les droits de propriété intellectuelle reviennent entièrement à l'organisme ;
• les droits de propriété intellectuelle sont attribués aux partenaires de manière à refléter leurs intérêts, leurs travaux et leurs contributions respectifs ;
• l'organisme reçoit une rémunération équivalente au prix du marché pour les droits qui lui sont cédés.

Ces conditions sont alternatives. Dans une CIFRE, l'entreprise ne supporte généralement pas l'intégralité des coûts : le laboratoire apporte encadrement et environnement. La voie la plus courante passe donc par la clause de propriété intellectuelle, qui doit refléter les contributions de chacun. C'est aussi pourquoi une annexe détaillant les coûts de chaque partenaire a un intérêt pour les deux parties.

À ma connaissance, aucune décision de la Commission, aucun arrêt de la Cour de justice de l'Union européenne, aucune jurisprudence nationale, ni aucune doctrine ne qualifie d'aide indirecte le versement trop faible d'une entreprise au titre d'une CIFRE. Puisque le principe de cette contribution n'est pas obligatoire, aucun texte ne peut imposer un montant minimal.

Le sujet des aides d'État est d'ailleurs couvert expressément dans le Code de la recherche. L'article R. 513-11, I, 3° refuse le bénéfice de l'aide à l'employeur qui ne remplit pas les critères d'éligibilité au régime cadre exempté de notification relatif aux aides à la recherche, au développement et à l'innovation, pris sur la base du règlement (UE) n° 651/2014. L'aide versée à l'employeur est donc déjà encadrée au regard du droit des aides d'État.

Les crédits d'impôt entrent-ils dans la négociation ?

Non. Les crédits d'impôt en faveur de la recherche (CIR, CICo et autres dispositifs) sont des mécanismes d'incitation à l'innovation : l'État les a conçus pour favoriser les projets de recherche et encourager les partenariats entre entreprises et organismes publics. Ils ne constituent pas une avance consentie à l'entreprise, que celle-ci devrait restituer à l'établissement à l'occasion d'un contrat de R/D.

Se prévaloir de l'éligibilité, potentielle ou réelle, de l'entreprise à ces dispositifs pour tenter de moduler le prix n'est pas acceptable. Ce raisonnement revient à considérer que la part prise en charge par la collectivité au titre de l'incitation devrait être rendue à l'établissement. L'éligibilité relève de la seule situation de l'entreprise, qui en supporte le formalisme et le risque de contrôle, et l'entreprise, symétriquement, n'a pas à s'enquérir de la façon dont l'établissement obtient ses propres dotations.

De façon assez amusante, l'argument historique et totalement inacceptable de « Je paye des impôts, donc je ne devrais pas payer pour la R/D académique » s'est transformé en argument tout aussi inacceptable de « Tu bénéficies de réductions d'impôts, donc tu dois payer pour la R/D académique ».

Ces dispositifs n'autorisent pas l'établissement à ajuster son prix à l'avantage fiscal de l'entreprise : leur objet est de soutenir l'effort de recherche et les partenariats, non de faire rémunérer l'établissement à hauteur de l'avantage obtenu. Dans tous les cas, l'éligibilité d'une entreprise à ces dispositifs dépend de sa situation et de conditions qui lui sont propres : ni l'entreprise ni l'établissement ne peuvent la tenir pour acquise.

Comment mener la discussion sans la bloquer ?

En quatre gestes, qui valent pour les deux côtés de la table :

1. Séparer le principe de la contribution et son montant, et acter le premier avant de discuter du second.
2. Demander les pièces : le détail des coûts (encadrement, environnement, consommables), et, quand un risque juridique est invoqué, le texte ou le précédent sur lequel il repose.
3. Raisonner sur les besoins réels du projet plutôt que sur des risques juridiques non documentés ou sur la situation fiscale de l'autre partie.
4. Se mettre à la place de l'autre : l'établissement public répond à des contraintes de concurrence, de budget et de politique d'établissement ; l'entreprise, à des contraintes de trésorerie et de financement. Les arguments gagnent à être formulés dans les termes de l'autre partie.